Theo các nhà nghiên cứu, hầu hết các bờ biển Việt Nam đều có vi sinh vật tự phân hủy dầu. Khi xảy ra sự cố tràn dầu, người ta sẽ phải tiến hành nhiều bước như vớt và thu gom dầu, sau đó mới tiến hành sử dụng vi sinh vật để xử lý để tránh dầu tràn ngấm xuống đáy biển sẽ tiêu diệt hệ sinh thái, làm cá, tôm, ốc... bị chết. Thế giới vi sinh vật thực hiện phân hủy dầu cũng theo nhiều cơ chế khác nhau như phân hóa mạch carbon, hấp thụ dầu... tùy thuộc vào từng chủng vi sinh vật bản địa.

Các loại vi sinh vật sử dụng trong xử lý sự cố tràn dầu thường hoạt động theo cơ chế mạch carbon phân hủy tạo thành CO2 và nước. Tuy vậy, chúng chỉ xử lý được ở hàm lượng thấp, 10 g/lít hoặc 1 g/kg. Ở mỗi vùng khác nhau lại có một loại vi sinh vật khác nhau để xử lý chứ không có một chủng chung cho các vùng. Cách làm này không phức tạp, chỉ cần bổ sung vi sinh vật, tạo các chất hoạt động bề mặt để những vi sinh vật có sẵn này hoạt động mạnh hơn.

Tuy vậy, hiện nay các sản phẩm xử lý dầu bằng vi sinh vật vẫn chưa được thương mại hóa do còn rất nhiều thủ tục. Tất cả các hoạt động xử lý tràn dầu mới chỉ là hợp tác của các nhà khoa học với đơn vị xảy ra sự cố. Các chuyên gia cảnh báo, việc lựa chọn vi sinh vật để xử lý cũng cần phải nghiên cứu kỹ và thận trọng, bởi thực tế, có những vi sinh vật giúp xử lý thành công tràn dầu ở khu vực này nhưng ở khu vực khác các chủng vi sinh vật không phát huy khả năng phân hủy. Sau một thời gian ngắn, bãi biển có màu đen và hôi thối, gây ô nhiễm thứ cấp...